볼드모트와의 전쟁은 순탄치 않다. 덤블도어가 호그와트를 오랫동안 비운사이 불사조 기사단은 곤경에 빠지게 된다.
여느때와 다름없이 여름 방학을 더슬리 일가에서 보내게 된 해리. 해리는 시리우스 블랙의 죽음과 더불어 우연히 목격한 덤블도어 교수의 볼드모트와의 격렬한 혈투 등으로 머리 속이 너무 복잡하다. 학기가 채 시작되기 전 자신을 방문하겠다는 덤블도어 교수의 의도 또한 의문투성이.

모든 역경 속에서도 시간은 흘러 어느새 6학년이 된 해리포터와 친구들. 말썽많은 위즐리 형제들은 새로운 발명품들을 개발하기에 여념이 없고 청소년으로 훌쩍 자란 아이들은 사랑에 빠지기도, 싸우기도 하면서 분주한 일상을 보낸다.
새로운 마법 수업이 시작되고 언제나 그렇듯 해리는 알 수 없는 경험을 하게 된다. 미지의 Half-Blood Prince로 부터 극적인 도움을 받은 해리. 정체를 알 수 없는 Half-Blood Prince와 해리가 이야기의 축을 이루면서 해리는 볼드모트의 어린 시절에 얽힌 사건을 알게되고, 볼드모트의 취약점이 될지도 모를 무언가를 찾아내기에 이르는데...


The war against Voldemort is not going well; even Muggle governments are noticing. Ron scans the obituary pages of the Daily Prophet, looking for familiar names. Dumbledore is absent from Hogwarts for long stretches of time, and the Order of the Phoenix has already suffered losses.
And yet...
As in all wars, life goes on, The Weasley twins expand their business. Sixth-year students learn to Apparate -- and lose a few eyebeows in the process. Teenagers glirt and fight and fall in love. Classes are never straightforward, though Harry receives some extraordinary help from the mysterious Half-Blood Prince.
So it's the home front that takes center stage in the multilayered sixth installment of the story of Harry Potter. Here at Hogwarts, Harry will search for the full and complex story of the boy who became Lord Voldemort--and thereby find what may be his only vulberability.